虽然口腔卫生是多数口臭的原因，但是口臭有时可显示是身体罹患某种疾病。而从口气也可初步判别到底身体哪里出了差错。

　　口气带有丙酮(acetone)或水果味。未获控制的糖尿病，会使你更易患齿龈病和口腔干燥。当血糖水平不稳时，虚弱的身体无法抵抗造成感染、伤害牙床的细菌。这些感染可导致口臭。但是若呼气带有水果味或类似丙酮味，可能代表名为「酮酸中毒」的糖尿病併发症，酮酸累积在血液可导致糖尿病昏迷或死亡。

　　口气带有鱼腥味。口气带有鱼腥味或类似阿摩尼亚味，可能意味肾脏衰竭。肾脏负责移除血液的有毒化学物，但到了肾脏衰竭时，肾脏受损过重，无法过滤有毒物质，使得毒物累积体内。当肾脏衰竭影响呼吸系统，造成呼吸问题，口气就可能有鱼腥味。

　　口气带有酸味。睡了一晚觉早晨醒来，口臭是正常现象，因为睡觉时口水的生产减少，使得造成臭味的细菌有机会繁殖衍生。但是口水产量减少，有时是因为你睡觉时，把嘴巴张开太长时间。睡眠呼吸暂停和打呼的人，可能鼻子呼吸有问题，而把嘴巴张开，进而导致口臭。

　　胃食道逆流疾病。口臭可能代表肠胃不好，像胃酸倒流和胃食道逆流疾病(GERD)等消化疾病，可从口气显示，因为患者的胃无法有效处理食物，以后于食物开始腐化，甚至可能流回，造成口臭。

　　呼吸道感染。流感、支气管炎和鼻窦炎等呼吸道感染，可以是口臭的根源。当呼吸道感染导致呼吸系统的组织发炎，会引发生产吃细菌的细胞和黏液。

　　蛀牙和龈炎。当牙齿的珐琅质被侵蚀，食物的分子会积在这些蛀牙的洞里。刷牙无法刷掉这些食物，导致细菌滋生，造成口臭。牙床若因感染细菌而发炎，导致疼痛和发臭的分泌物。